Os sítios do Patrimônio Natural protegem áreas consideradas excepcionais do ponto de vista da diversidade biológica e da paisagem. Neles, a proteção ao ambiente, do patrimônio arqueológico, o respeito à diversidade cultural e às populações tradicionais são objeto de atenção especial. Os sítios geram, além de benefícios à natureza, uma importante fonte de renda oriunda do desenvolvimento do ecoturismo. 

No IPHAN, as ações de proteção do Patrimônio Cultural Natural são desenvolvidas por um setor técnico especializado que lida diretamente com elementos naturais, os quais constituem a matéria-prima da produção cultural. A preservação deste patrimônio exige, ainda que de forma sucinta, conhecimentos ligados ao meio físico e biológico, como geologia, paleontologia, espeleologia, hidrologia, biologia e ecologia.