Coleção arqueológica do Museu da Escola Normal Justiniano de Serra - No Museu, situado em Fortaleza, estão as seguintes peças: um vaso de cerâmica que é um trabalho indigena e foi encontrado na Gruta de Ubajara; uma coleção de 68 peças formadas por arcos e flechas de índios do Mato Grosso; uma coleção formada por 22 peças de adornos indígenas; e quatro machados de pedra indígenas. O tombamento ocorreu em 1941.

Sítio do Físico: ruínas (Sítio de Santo Antônio das Alegrias: ruínas) - Sua construção, situada à margem direita do rio Bacanga, data de fins do século XVIII e início do XIX. O proprietário do sitio era o físico-mor da então Capitania Geral do Maranhão, Antônio José da Silva Pereira. Sua importância está relacionada ao fato do local ter abrigado a primeira indústria da região, para beneficiamento do couro e arroz, e  a fabricação de cera e cal. Após a morte do físico, em 1817, passou a fabricar fogos de artifícios. Integravam o conjunto, além da residência do físico, curtume, fornos, conjunto de tanques, poços, armazéns, cais, laboratório, rampas, telheiros e canalizações com caixa de distribuição para os tanques.

Suas ruínas encontram-se entre os mais preciosos sítios arqueológicos do Brasil. Em 1976, foi elaborado o Relatório de Pesquisa Arqueológica-Histórica e História sobre o Sítio Santo Antônio da Alegria (Sítio do Físico), que reuniu, entre outras, informações sobre os vários padrões de azulejos do período pombalino. Endereço: Igarapé do Coelho. Parque Estadual do Bacanga. O sítio - localizado no Igarapé do Coelho. Parque Estadual do Bacanga. no municipio de São Luís - foi tombado em 1981 e está aberto à visitação pública. 

Sambaqui do Pindaí - Tombado em 1940, situa-se entre os quilômetros 22 e 23 da rodovia que liga as cidades de São Luís e São José de Ribamar, na Região Metropolitana de São Luís, capital do Estado. É uma jazida de grande importância por ser uma das primeiras do gênero na região e apresenta abundância de vestígios de índios extintos. Em 1927, foram encontrados fragmentos de cerâmica que estão expostos no Museu Nacional, no Rio de Janeiro.

Vila Bela da Santíssima Trindade: ruínas (Igreja Matriz da Santíssima Trindade: ruínas e Palácio dos Capitães Generais) - Atual sede da Prefeitura Municipal de Cuiabá (Palácio dos Capitães Generais). Trata-se das ruínas da antiga capital da Província do Mato Grosso, situada no extremo oeste do Estado, às margens do rio Guaporé. A região foi descoberta, em 1730, e logo o governo português percebeu a importância de conservar as jazidas de ouro e a possiblidade de introduzir manufaturas anglo-portuguesas no Peru, construindo na fronteira, ao longo do rio, uma rede administrativa e militar destinada a rechaçar eventuais ataques dos espanhóis. A Vila foi fundada, em 1752, para a fixação de um núcleo urbano na fronteira ocidental, permaneceu como capital até 1820, quando esta foi transferida para Cuiabá.

Em 1771, foi iniciada a construção da Igreja Matriz da Santíssima Trindade. Em 1775 e 1793, a igreja foi reconstruída devido aos desmoronamentos que ocorreram. No início do século XX, quando o marechal Mariano Cândido da Silva Rondon passou pela região, a Igreja e o Palácio dos Generais ainda estavam de pé, ambos localizados em uma grande praça no centro de Vila Bela. Ao longo do tempo, os dois edifícios foram se deteriorando e a Matriz se transformou em ruínas, com seus espessos muros de taipa de pilão sendo, pouco a pouco, destruídos pelas intempéries. 

Ruínas da Igreja Matriz - As ruínas constituem um marco histórico da expansão colonial portuguesa, e as paredes em adobes têm extraordinária espessura e alicerces com embasamento de cantaria em pedra canga. A matriz nunca chegou a ser concluída, provavelmente, por ter sua construção iniciada no período da decadência de Vila Bela. Em 1905, durante a permanência da expedição do marechal Rondon, no local, o local foi fotografado e há registro da Igreja Matriz ainda de pé. Rondon deixou a descrição: "A Igreja Matriz da Santíssima Trindade é um edifício muito alto ainda não concluído, faltando o frontispício e as duas torres, cuja construção fora apenas iniciada. O seu fundamento é de pedra canga, o pedestal e parte das paredes na altura deste são de cantaria da mesma pedra. Só a parte superior das paredes é de adobes (tijolos crus) sendo estes da largura de 1,50m”. 

Palácio dos Capitães Generais - Atual sede da Prefeitura Municipal de Cuiabá, era a residência dos governadores da capitania e foi edificado - na época da riqueza gerada pela extração do ouro - pelo primeiro capitão-general Antônio Rolim de Moura, Conde de Azambuja. O Palácio é uma construção térrea, extensa casa de linhas sóbrias erguida em taipa de pilão. Possuía cunhais em cantaria de pedra canga e interiores profusamente decorados com pinturas e trabalhos em talha aplicada e dourada. Formava o núcleo primitivo da Vila Bela, com a Câmara Municipal, a Cadeia, Casa de Fundição, Quartel dos Dragões, Igreja Matriz da Santíssima Trindade, Igreja de Santo Antônio dos Militares e Igreja de Nossa Senhora do Carmo.

A estrutura original do Palácio manteve-se por mais de dois séculos, apesar de seus interiores terem sofrido com a passagem do tempo, com a decadência de Vila Bela e a ausência de restauro. Desapareceram pinturas, móveis e adereços, mas permaneceu o corpo estrutural até a década de 1960. Remanescente da arquitetura luso-brasileira do século XVIII, o Palácio foi restaurado pela então Fundação Nacional Pró-Memória, atual Iphan, em meados da década de 1980 e tombado em 1988. Essa edificação é considerada o ponto de partida da formação de Vila Bela e símbolo material do poder, que antecedeu edificações particulares, outras edificações oficiais e religiosas.  

Áreas Sagradas do Alto Xingu Kamukuaká e Sagihengu - Nesta região encontra-se a gruta Kamukuaká, cujos sítios arqueológicos são associados ao ritual de furação de orelha e ao início do ritual do Kuarup,  dos índios Waurá e Kalapalo do Alto Xingu. A área está repleta de inscrições rupestres. O tombamento atende aos índios Waurá, que solicitaram a proteção do local à Coordenação de Proteção das Terras Indígenas (CPTI), da Fundação Nacional do Índio (Funai).

Coleção Arqueológica e Etnográfica do Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG) - A Coleção foi tombada em 1940. Em 1985, no Departamento de Ciências Humanas do Museu, as coleções somavam 13.370 peças, assim distribuídas: indígenas 12.004 peças, africanas 593 peças, nativas 110 peças e 663 diversas. As coleções arqueológicas constituem um acervo valioso, do ponto de vista científico e histórico, reunindo 2.476 peças de cerâmica, completas ou não, e mais de um milhão de fragmentos. As coleções geológicas reuniam o seguinte acervo: rochas e minerais, 914 amostras; fósseis, 3.846 amostras.

A origem do Museu data dos tempos do Império (1866), quando o naturalista mineiro Domingos Soares Ferreira Penna, radicado no Pará, organizou uma associação cultural para recolher e preservar coleções etnográficas e arqueológicas. Durante sua estada, em Belém, o naturalista suíço Luiz Agassiz, em fins de 1885, contribuiu para a criação da associação cultural quer daria origem ao Museu. Fechado pelo Governo em 1888, o então Museu Paraense foi reinaugurado em 1891 ocupando um prédio vizinho ao antigo Liceu Paraense (atual Colégio Estadual Paes de Carvalho). Três anos depois, o suíço Emílio Goeldi assumiu sua direção.

Sob inspiração de Goeldi, o governo elaborou um decreto, em 1894, estabelecendo uma nova estrutura para a instituição, que deveria funcionar com as seções de zoologia, botânica, etnologia - arqueologia, geologia - mineralogia, e biblioteca especializada em ciências naturais e antropológicas, além de assuntos amazônicos em geral. Também foi criado o Parque Zoobotânico, com amostras vivas da natureza da região. Em 1895, todo o acervo foi transferido para uma área situada entre as avenidas Independência e Gentil Bittencourt, onde, mais tarde, foi adquirido todo o quadrilátero atual. Entre 1894 a 1921, o MPEG desenvolveu pesquisas em diversas áreas, sendo grande parte na Amazônia. 

Itacoatiaras do Rio Ingá - Localizada no município de Ingá, no Estado da Paraíba, a Pedra do Ingá é um monumento arqueológico identificado como "itacoatiara", constituído por um terreno rochoso que possui inscrições rupestres entalhadas na rocha. O termo itacoatiara vem da língua tupi: itá (pedra) e kûatiara (riscada ou pintada). De acordo com a tradição, esse era o termo usado pelos índios potiguaras para responder aos colonizadores europeus sobre o que significavam os sinais inscritos na rocha. O tombamento ocorreu em 1944.

A formação rochosa em gnaisse cobre uma área de cerca de 250m². No conjunto principal, há um paredão vertical de 50m de comprimento por 3m de altura e, nas áreas adjacentes, inúmeras inscrições cujos significados ainda são desconhecidos. Nesse conjunto, estão entalhadas figuras diversas que sugerem a representação de animais, frutas, humanos e constelações como a de Órion. No Sítio Arqueológico da Pedra do Ingá - localizado a  109 km de João Pessoa e 38 km de Campina Grande - está o Museu de História Natural, com vários fósseis e utensílios líticos encontrados na região. 

Parque Nacional Serra da Capivara - Tombado em 1993, o Parque Nacional Serra da Capivara - no bioma Caatinga, na Região Nordeste - foi inscrito, pela Unesco, na Lista do Patrimônio Mundial, Cultural e Natural, em 1991. Criado em 1979, para preservar vestígios arqueológicos da mais remota presença do homem na América do Sul, o Parque teve sua demarcação concluída em 1990 e está subordinado ao Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio).

Na área protegida, foram localizados cerca de 400 sítios arqueológicos. A maioria deles contém painéis de pinturas e gravuras rupestres de grande valor estético e arqueológico. Com aproximadamente 130 mil hectares, o parque está localizado no sudeste do Estado do Piauí e ocupa parte dos municípios de São Raimundo Nonato, João Costa, Brejo do Piauí e Coronel José Dias. Em seu entorno foi criada uma Área de Preservação Permanente (APP) com dez quilômetros de raio, que constitui um cinturão de proteção suplementar.

Coleção Etnográfica, Arqueológica, Histórica e Artística do Museu Coronel David Carneiro - Tombada em 1941, esta Coleção foi organizada pelo professor e historiador David Antônio da Silva Carneiro, a partir do inicio do século XX, em Curitiba, capital do Paraná. O Museu, fundado em 1928, recebeu o nome de seu pai, o Coronel David Carneiro, figura importante da história paranaense. A sede definitiva foi inaugurada em 1952, em um prédio de mais de 3.000m2, onde funcionou até 1994. É considerada a maior coleção particular de antiguidades do Paraná e uma das maiores do País, com milhares de itens. Peças como uniformes e armas militares usados na Revolução Federalista e na Guerra do Paraguai, documentos e objetos históricos, entre ouras peças.

O acervo abrange diversas coleções - armaria, vestuário, imaginária, heráldica, mobiliário, etnografia, mineralogia, iconografia e outras -, dentre as quais se destacam o material bélico e os uniformes militares usados em 1894, no cerco da cidade da Lapa pelas tropas revolucionárias federalistas. As armas brancas (lanças, espadas, punhais, sabres), as de fogo (canhões, metralhadoras, pistolas e fuzis), além da munição, granadas e bombas, exemplificam a evolução dos armamentos durante quatro séculos. Ainda, relativo à história militar, está o acervo condecorações e distintivos, uniformes, armaduras e couraças, platinas, dragonas e quepes, utilizados pelo Exército Brasileiro em diversos períodos da história. 

Coleção Etnográfica, Arqueológica, Histórica e Artística do Museu Paranaense - Esta Coleção possui aproximadamente 400 mil itens, entre objetos de uso pessoal, mobiliário, armas, uniformes, indumentárias, documentos, mapas, fotos, filmes, discos, máquinas, equipamentos de diversas espécies, moedas, medalhas, porcelanas, pinturas em diversas técnicas e esculturas, além de grande acervo arqueológico (lítico, cerâmico e biológico), antropológico (cestaria, plumária, armas, adornos e cerâmicas indígenas), retratos a óleo da antiga Pinacoteca do Estado.

O Museu Paranaense foi inaugurado em 1876, no Largo da Fonte (atual Praça Zacarias), em Curitiba. Em 1882, de particular transformou-se em órgão oficial do governo. Entre 1979 e 2005 recebeu três grandes acervos de outros museus, entre eles o acervo pertencente ao Museu Coronel David Carneiro (2004). O prédio - tombado em 1941 - recebeu o nome de Palácio São Francisco e é uma construção eclética, executada entre 1928 e 1929, pelo engenheiro Eduardo Fernando Chaves. Vários órgãos do governo estadual funcionaram no Palácio, que passou por inúmeras obras e reabriu em 2003.

Coleção Arqueológica Balbino de Freitas - Integra do acervo do Museu Nacional, no Rio de Janeiro, tombado em 1938. O tombamento inclui esta Coleção. Um dos primeiros museus arqueológicos do Brasil foi a casa de Balbino Luiz de Freitas que, por iniciativa própria, coletava e colecionava artefatos indígenas nos arredores de Torres, no Estado do Rio Grande do Sul. Ele reuniu peças fundamentais para pesquisas que contam a história dos habitantes do município na época da sua formação. Um dos destaques da Coleção é um cesto (artefato sambaqui) que foi revestido internamente com resina, conservada apenas em parte e foi coletada em um sambaqui do litoral meridional brasileiro. Trata-se de uma peça rara, em virtude da dificuldade de preservação de materiais orgânicos em climas tropicais. 

Ao longo da estreita e recortada faixa costeira do litoral centro-meridional brasileiro, nos ambientes estuarinos, ricos em peixes, moluscos e crustáceos, viveram populações pescadoras e coletoras entre 8 mil anos atrás e o início da era cristã. Seus vestígios podem ser vistos em grandes montes feitos de areia, terra e conchas - os chamados sambaquis - onde são encontrados restos alimentares, ferramentas, armas, adornos e os sepultamentos dos que ali viveram. Esses montes, com alturas variáveis, têm alta visibilidade e se destacam na paisagem litorânea.

Embora existam desde o Rio Grande do Sul até a Bahia, é no Estado de Santa Catarina que os sambaquis são mais numerosos. Ali, alguns alcançam até 35 metros de altura, o que demonstra que deviam ocorrer condições extremamente favoráveis ao modo de vida dos seus construtores. Embora sua cultura material de uso cotidiano seja bastante simples, no litoral meridional esses grupos produziram objetos cerimoniais em pedra e osso muito elaborados, com refinamento estético e sofisticação artística, os chamados zoólitos.

O Museu Nacional é considerado o maior Museu de História Natural da América Latina, e possui um acervo de mais de quatro milhões de peças, das quais cerca de dez mil em exposição, em dois andares de circuito, ocupados com as áreas de Zoologia, Arqueologia, Etnografia, Antigüidades Clássicas, Geologia e Paleontologia. O prédio data do século XVII, e funcionou como sede da Fazenda Jesuítica de São Cristóvão para criação de gado. O Museu Nacional foi instalado no local, em 1892, e está subordinado à Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e ao Ministério da Educação (Mec).

Remanescentes do Povo e ruínas da Igreja de São Miguel - As Missões Jesuítas Guaranis, como um sistema de bens culturais transfronteiriços envolvendo o Brasil e a Argentina, compõem-se de um conjunto de cinco remanescentes dos povoados implantados em território originalmente ocupado por indígenas, durante o processo de evangelização promovido pela Companhia de Jesus nas colônias da coroa espanhola na América, durante os séculos XVII e XVIII. Esses bens, entre eles a Igreja de São Miguel, também expressam em parte a experiência da Companhia de Jesus no território americano, produzida na chamada Província Jesuítica do Paraguai, que compreendia um sistema de relações espaciais, econômicas, sociais e culturais singulares, conformada à época por 30 povoados, chamados reduções.

Havia, ainda, estâncias, ervais, redes de caminhos e vias fluviais estendidas pela bacia do Rio Uruguai e de seus afluentes. A experiência abrangia uma extensa área da América Meridional, correspondente, nos dias atuais, a regiões do Paraguai, Argentina, Uruguai e Brasil. Em 1938, esses remanescentes foram tombados pelo Iphan e, dois anos depois, foi criado o Museu das Missões, destinado ao recolhimento e à guarda da estatuária da Igreja de São Miguel. Em 1983, São Miguel das Missões foi declarada Patrimônio Cultural Mundial pela Unesco, com as Missões localizadas em território argentino de San Ignacio Mini, Santa Ana, Nuestra Señora de Loreto e Santa María La Mayor.

Ilha do Campeche: sítio arqueológico e paisagístico - A Ilha do Campeche, em Florianópolis - tombada em 1998 por seus atributos arqueológicos e paisagísticos - possui a maior concentração de oficinas líticas e gravuras rupestres do litoral brasileiro. Localizada no sudeste da Ilha de Santa Catarina, onde estão sítios preservados, a Ilha é um dos paraísos naturais mais exuberantes do país também pelo valor arqueológico, com inscrições rupestres e oficinas líticas. Entre os tesouros deixados pelos povos antigos há inscrições e registros considerados de grande importância por ser a maior concentração desse tipo em um único sítio arqueológico, de todo o litoral brasileiro. São desenhos que lembram flechas e máscaras, símbolos geométricos, um monolito com nove metros de altura e um ponto magnético sinalizado com inscrição rupestre onde as bússolas têm comportamento alterado. O local possui ruínas de armação de baleia, datadas de 1772. 

Coleção Arqueologica João Alfredo Rohr - Tombada pelo Iphan, em 1986, integra o acervo do Museu do Homem do Sambaqui (antigo Museu Arqueológico do Colégio Catarinense), criado pelo padre jesuíta e professor João Alfredo Rohr. A Coleção contém, aproximadamente, 8.000 objetos dos sambaquis, inclusive esculturas de animais em pedra (zoólitos), cerca de 80.000 fragmentos e algumas vasilhas de cerâmica dos Guarani. No Museu, há uma coleção de esqueletos com aproximadamente 1.000 anos, além de cerâmicas da tradição Tupi-Guarani e pontas de flechas.

Ao longo de sua carreira de quase 40 anos dedicados à arqueologia, Rohr levantou mais de 400 sítios em Santa Catarina, por meio de minucioso trabalho de campo, promovendo uma verdadeira varredura de determinadas regiões, localizando e identificando sistematicamente os sítios. Ele realizou algumas das maiores escavações feitas no Brasil e organizou o Museu com esqueletos dos sambaquis. Uma de suas primeiras ações nesse campo foi a aquisição, devidamente referendada por autoridade nacional, da coleção que Carlos Behrenheuser, um rico negociante de Florianópolis, havia reunido trocando retalhos de tecido por peças arqueológicas encontradas por sitiantes em diversos lugares da Ilha de Santa Catarina.

Sambaqui na Barra do Rio Itapitangui - Este sítio arqueológico foi tombado em 1955. É um testemunho da presença de grupos de recoletores e pescadores no atual município de Cananéia, no Estado de São Paulo. Apresenta-se como pequena elevação arredondada e constituída, exclusivamente, por carapaças de moluscos. Em Tupi-Guarani, tambó significa (monte) e qui (conchas). O sambaqui está situado a cerca de um quilômetro da barra do rio, que se estende pela região da Serra do Itapitangui, localizada na Área de Proteção Ambiental (APA) Cananéia - Iguape, no litoral paulista.